Proxy32 может создать отдельный рабочий стол Windows и запустить на нем свою графическую оболочку. В этом случае программы, которые запущены на общем рабочем столе Windows, не смогут взаимодействовать с графической оболочкой Proxy32 (манипулировать окнами Proxy32 и посылать в них нажатия клавиш и мыши). Режим запуска Proxy32 на отдельном рабочем столе может использоваться для выполнения очень важных задач, когда пользователь хочет исключить возможность вмешательства в его работу со стороны других программ.

Запуск на отдельном рабочем столе Windows по умолчанию выключен, но он может быть включен через Proxy32 Options Dialog.

Когда Proxy32 запущена на отдельном столе, она позволяет пользователю переключаться между отдельным рабочим столом Windows и общим рабочим столом Windows:

• Для переключения между отдельным рабочим столом Windows и общим рабочим столом Windows в ту или другую сторону по умолчанию используется комбинация клавиш Ctrl-Shift-1. Эта комбинация клавиш может быть изменена в Proxy32 Options Dialog.
• Переключение с отдельного рабочего стола Windows на общий рабочий стол Windows может быть выполнено с помощью кнопки в полоске меню главного окна.
• Переключение с общего рабочего стола Windows на отдельный рабочий стол Windows может быть выполнено с помощью левого клика мышкой на иконке Proxy32 в статусной зоне панели задач Windows на общем рабочем столе Windows.